間違いだらけのレイアウトと警戒心

はじめまして。
ゴールデンハムスター7ヶ月の男の子を一週間前に飼い始めました。
ハムスターの飼育は20年以上前子供の頃に家族で飼っていて、私一人での飼育は初めてです。
昨日からハムエッグさんのサイトを発見し、たくさんのコラムやフォーラムを読んで、
自身の間違いだらけのやり方に反省し、今からでも直していきたいと思い勉強しています。
今悩んでいるのは、間違ったレイアウトとハムスターのストレス、警戒心についてです。
以下経緯について書き込みます。
ケージは80センチのものです。
回し車は26センチで、床材は紙パルプとウッドチップを混ぜたものにしています。
初日、ハムスター本人は珍しそうに巡回し回し車を回してみたりしていました。
手を怖がったりする様子もあまりありませんでした。
最初の3日間は触らず、水と餌の交換のみに努めていました。
4日目以降、餌交換の際、手に近づいてきたのでおやつを渡すと手から食べてくれたりしていました。
ケージのレイアウトは飼育本やYouTubeを参考にしたのですが（これも間違いでした）、
トイレを使わずケージの隅におしっこをしていたため、4日目にその場所にトイレを設置しておしっこの床材を入れておきましたが、
別の場所におしっこをするようになりました。
その際も今までの環境が変わってしまったので慌てていました。まだ4日目なのに当然だと思います。
また、トイレもYouTubeを見て購入したものなのですが、上が開いている構造の今考えると非常に使いづらいもので、それもトイレにおしっこをしない原因だと思っています。
他にも回し車の下に土台を置いていたのですが、
DIYしたため安定が悪く、ハムスターがケージ内にいるのに取り外したり、汚れた部分の床材を取ったりしてしまいました。
その際にジージーと警戒され、ハムスター本人はかなり慌てており怖い思いをさせてしまいました。
それから相当警戒させてしまい、嫌われています。
夜は電気を消して私が寝ているのを確かめてから行動するようになりました。
4日目以降餌交換と水交換の際にはおそるおそる様子を伺う感じでしたが、
最近になって声掛け後の交換の際、私の手に自分から近づいてきて、おやつ（野菜）を手から取るようになりました。
また餌はその場で食べず、自分で作った巣の中で食べています。
レイアウトがおかしいので、巣箱を使わず床材をハムスター本人が集めてかまくら状にして床に作っています。
昨日あたりから警戒心が少し解けたのか、電気をつけていても巣から出てくるようになりました。
警戒心や慣れも考えつつ、レイアウト、また床材も紙パルプでは無くウッドチップにしてあげないといけないと思っています。
ハムエッグさんのレイアウトを参考にしてトイレを購入し、明日届く予定です。
ですが、今のこの状態からすぐレイアウトを変更するべきなのか判断に悩んでいます。
もう少し慣れてからにすべきか、
手は怖がっていない様子なので、あまりに間違いだらけのレイアウトをすぐ直すべきか。
同じような質問はハムエッグさんのコラムやフォーラムを読んでいると何度か出てきていたのですが、
ストレスを言い訳にしてレイアウトを変えないより変えた方が良いとも思うけれど、
今いる子の場合まずは少し慣らしてあげる方が優先なのか。
また、もしレイアウトを直すとしたら警戒している今ケージからどのように移動させれば良いのか（ハムエッグさんでオススメしているキャリーケージを購入済です）についても悩んでいます。
タッパーを使って床材ごと移動させるつもりですが、
そのタッパーを入れる作業もかなり怖いのかもと思っています。
ご助言いただける方がいらっしゃいましたらお願いできればと思います。
現在のレイアウトについても添付いたします。
右側を主に縄張りにしており、赤丸部分の巣箱は餌の貯蔵庫になっています。
ロフトになっているので貯蔵庫の下に巣を作っており、
おしっこはロフトの下、緑の四角部分の床材にしています。

説明

右側がロフトになっており、主に右側ロフト下ににいます。

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